Запатентована не идея, а её реализация.Был FAT и имена 8.3. Была идея расширить имена. Несколько компаний предложили свои реализации, в т.ч. Майкрософт. Реализация от Майкрософт (FAT LFN) стала де факто стандартом. Именно эта реализация запатентована. Вы можете пользоваться другой реализацией (ни с кем не совместимой) - это бесплатно.
Другой пример: алгоритм определения местоположения телефона по доступным WiFi и мобильным сетям. Нетривиально. Запатентовано. Даже если кто-то повторит всю проделанную работу, то он всё равно будет платить за патент, т.к. реализацию идеи первым придумал не он.