Опишу ситуацию на примере подменю wine в меню KDE, так как проблема зачастую проявляется именно здесь. Например, мы хотим удалить все установленные Windows-программы. Для этого удаляется каталог ~/.wine, однако соответствующие пункты KDE меню приложений остаются. Логичным шагом является удаление всего подменю Wine. Однако после этого windows-программы больше не появятся KDE меню. Даже если создать подменю с именем Wine, это не изменит ситуацию.

Проблема состоит в том, что при редактировании стандартных пунктов KDE меню, появляется вот такой файл:

   .config/menus/applications-kmenuedit.menu

Файл описывает кастомизированное меню приложений KDE. Если его удалить (переместить), то все модификации стандартных пунктов меню уйдут, в частности, появится удаленный пункт меню Wine, и в него будут добавляться свежеустановленные Windows-программы.

URL:
Обсуждается: http://www.opennet.me/tips/info/2682.shtml

• Восстановление стандартного KDE меню после его удаления (например, wine),Аноним, 22:44 , 16-Апр-12
• Восстановление стандартного KDE меню после его удаления (например, wine),kamagan, 05:56 , 17-Апр-12
  • Восстановление стандартного KDE меню после его удаления (нап...,Fyfyfc, 11:33 , 18-Апр-12
    • Восстановление стандартного KDE меню после его удаления (нап...,Аноним, 12:10 , 18-Апр-12
      • Восстановление стандартного KDE меню после его удаления (нап...,Гнумер, 19:17 , 04-Май-12

Каким образом удалялись пункты меню Wine?

Можно пойти другим путём. Достаточно открыть редактор меню KDE, и там в меню Правка выбрать пункт Восстановить системное меню.

Это-же не юниксвэй. Не труъ.

А я просто удалял каталог ~/.local/share/applications/wine и не наблюдал никаких проблем.

Аналогично в Gnome.