У меня федора и X. Глюки зависят не только от X. но и от ядра с драйверами. На ноутбуке со встроенной intel и дискретной nvidia за всю историю федоры, а я на ней с первой версии, было три случая. Первый, ЕМНИП, случился при апгрейде с 19. На втором мониторе начал оставаться след мышиного курсора. Починили связку иксы-ядро-драйвер только в 21. Пришлось почти год сидеть со старым ядром, иксами и драйвером. Второй случай вообще был очень странный. У меня внешний монитор 1920x1200, а в ноуте была матрица 1920x1080, и вот однажды  после апдейта ядра и драйвера монитор 1920x1200 перестал работать в родном режиме -- сидел в 1920x1080. Перешел на nouveau -- режим есть, назад на nvidia -- режима нет. Собственно, я так и не понял, чем nvidia лучше nouveau -- все как было, так и осталось. Собственно, на nouveau этот ноут и жил до своей замены.
Третий случай был очень интересный -- после апгрейда с 35 на 36 второй монитор вообще перестал определяться и пропали порты usb-c. Откатился на 35 -- все заработало. Вылечилось апгрейдом биоса.
В федоре на мой взгляд проблем поменьше, чем, например, на debian-based'ах. Если некоторый софт брать из родовых гнезд, а не из дистрибутива, то как-бы их вообще нет. Это:
- libreoffice;
- wine;
- nasm;
- часть библиотек под mingw;
- часть библиотек под linux;
- postgres;
- VBox (в дистре федоры его уже нет);
Ну и некотороый проприетарный софт под debian-based вообще не устанавливается или устанавливается криво, в частности есть проблемы с программами из САПР Mentor Graphics.
Лет десять назад имел дело с mpi на кластере, так тем, у кого рабочей ОС была убунта, пришлось переходить на центось из-за косплея виндовсов и хренового присутствия юниксвея из коробки. Как сейчас, не знаю, но подозреваю, что стало еще хуже и из-коробки оно годится только для сидения в интернете и играх. По крайней мере многие мои студенты приходят на курс системного программирования именно с убунтой и имею проблемы на ровном месте -- например, при разворачивании tar-архива, который создан в убунте, создаются каталоги и файлы, котороые моложе самого архива. А это вообще лютый Пц.