1) не знаю, как насчёт "каждой программы", но по файл-менеджеру, как и по шеллу, ман прочесть стоит. Особенно если ищешь конкретную возможнсть.2) В помощи по F1 в просмотрщике/редакторе:
Alt-e to change charset of displayed text may use M-e (Alt-e). Recoding is made from selected codepage into system codepage. To cancel the recoding you may select "<No translation>" in charset selection dialog.
3) "интуитивная понятность" важна в софте, который один раз открыл, решил свою одноразовую задачу и закрыл. Для того, чем пользуешься часто, важна удобная реализация фичи. А что может использоваться чаще, чем файл-менеджер?