Ситуация.
Linux hosted-by 2.6.26-2-amd64 #1 SMP Wed Sep 21 03:36:44 UTC 2011 x86_64 GNU/Linux

Cpu0  :  1.8%us,  0.9%sy,  0.0%ni, 14.2%id, 81.7%wa,  0.6%hi,  0.9%si,  0.0%st
Cpu1  :  0.0%us,  0.0%sy,  0.0%ni, 99.1%id,  0.9%wa,  0.0%hi,  0.0%si,  0.0%st

Что какти, что top подтверждают странную ситуацию - постоянно используется порядка 80%  одного ядра, 2% другого 24/7/365.
Нитей nginx-4, mysql нагружает несущественно, apache Server version: Apache/2.2.9 (Debian)

Откуда начинать искать, даже представления нету.

• Использование только одного ядра.,anonymous, 21:59 , 28-Окт-12

>[оверквотинг удален]
> Linux hosted-by 2.6.26-2-amd64 #1 SMP Wed Sep 21 03:36:44 UTC 2011 x86_64
> GNU/Linux
> Cpu0  :  1.8%us,  0.9%sy,  0.0%ni, 14.2%id, 81.7%wa,  
> 0.6%hi,  0.9%si,  0.0%st
> Cpu1  :  0.0%us,  0.0%sy,  0.0%ni, 99.1%id,  0.9%wa,
>  0.0%hi,  0.0%si,  0.0%st
> Что какти, что top подтверждают странную ситуацию - постоянно используется порядка 80%
>  одного ядра, 2% другого 24/7/365.
> Нитей nginx-4, mysql нагружает несущественно, apache Server version: Apache/2.2.9 (Debian)
> Откуда начинать искать, даже представления нету.

Ну, судя по выводу, у Вас процессор проводит 80% времени в состоянии I/O wait.
Т.е. я бы смотрел на дисковую подсистему. Попробуйте iostat.