Дан неплоский проект, условно называемый foobar, собирающийся automake.
Внутри есть папки src, config, images
В папке images находится Makefile.am следующего содержания
  subdirs = buttons headers

В папке images/buttons Makefile.am вот такой
  dist_pkgdata_DATA = button1.gif button2.gif ...

Похожее есть и в папке images/headers
  dist_pkgdata_DATA = header1.gif header2.gif ...

При вызове make install указанные файлы дружно копируются в ${prefix}/images. prefix=/usr/local/foobar

Что и как прописать в Makefile.am/configure.in/... чтобы они устанавливались соответственно в /usr/local/foobar/images/buttons и /usr/local/foobar/images/headers?
Эксперименты с Makefile.am в стиле
  dist_pkgdir=${prefix}/buttons
  dist_pkgdata_DATA = buttons/button1.gif buttons/button2.gif ...
не дали нужного эффекта.

• automake. Управление установкой файлов проекта,phpcoder, 15:57 , 09-Апр-07
  • automake. Управление установкой файлов проекта,LarsSteiger, 10:09 , 10-Апр-07

http://www.opennet.me/docs/RUS/automake/automake-ru_2.html Там есть пример для HTML-файлов, я бы попробовал сделать аналогично для ваших картинок. И, кстати, можно посмотреть в исходники любого open source проекта в качестве примера.

Да глядел. И потом разобрался в чем дело.
Правильный вариант:

pkgdata = ${prefix}/images/headers
pkgdata_DATA = header1.gif header2.gif ...

причем сборка делается вот так:
automake
./configure
make install