Я так думаю надо отключать по одной службе и смотреть. как себя будет вести машина.
Проблема может быть вчем угодно и капать можно долго. Будет полегче если удастся выявить какую нить передичность перезагрузок. потом посмотреть чего в это время могло работать. пошустрить внимательно логи.
Совсем недавно у одного товарища была проблемма с перезагрузками, так всему веной как бы это странно не казалось оказался bind. в конфигурации которого сделали (как считах хозяин) незначительный изменения.