>Традиционно mencoder. Но вот маны таки покурить придется, кроме того перекодирование видео
>(вообще, а не с конкретным софтом) это такая задача, которой нужно
>не одну неделю посвятить.

Короче решил я сию задачку. Если кому интересно, для моей задачки очень хорошо подходит утилита ffmpeg у которой есть ключик -s при помощи которого можно выставлять произвольное разрешение. Пример: ffmpeg -i in_file.avi -s 320x200 -target dvd out_file.avi
Утилита достаточно простая в использовании и имеет море возможностей.
Спасибо за помощь!
P.S.
Если кому интересно, сделал я следующую фичу. На моем серваке есть каталог upload/video_converter. В этом каталоге есть несколько подкаталогов в имени которых указано разрешение. Смысл следующий: вы закачиваете в каталог с нужным разрешением видео файл под именем in.avi. Через минуту запускается процесс который перекодирует in.avi в видео с расширением соответствующего имени каталога в файл out.avi. Оч удобно если не хотите морочиться с перекодированием фильма для просмотра на телефоне или смартфоне. Можете потестить, кому интересно. Ip сервера 89.222.146.104 или ftp://ufobject.yauza.ru