>Поставил i386, затем - make buildworld
>(подправив make.conf естессно)

Ой, не стал бы я делать такое на продакшн-системе: по идее все должно быть хорошо и здорово, и косяки в общем-то маловероятны. Но "мало" - не ноль, а в жизни и с нулевой вероятностью события происходят, а маловероятные с катастрофическими последствиями в силу третьего следствия закона мерфи происходят гораздо чаще, чем то подсказывает тервер :) И если уж какой-нибудь косяк случится, то его маловероятность врядли будет хорошим утешением.
Поэтому мой совет - никаких необратимых за пять минут шагов:
Берешь винт, ставишь на него фрю, настраиваешь как нужно, так, чтобы загрузившись с него на боевой машине (и смонтировав разделы на raid'е) получили рабочую систему, для чуствительных к абсолютным путям данных можно использовать nullfs. Это раз. В случае неудачи на этом шаге откат делается отключением винта. Поправляем все замеченые недочеты и даем поработать в штатной нагрузке некоторое время. Убедившись, что все работает как должно, задумываемся над тем "а не оставить ли все как есть", если все же желание загнать систему обратно на рэйд не пропадет, то начинаем аккуратно перекорячивать систему на рэйде (строим мир в chroot'е, например).