>Стандартная команда rmuser не помогает. Ругается, что дескать я бы вам не
>рекомендавал удалять пользователя с uid 0. А ручками я удалять не
>умею. Может просто все его каталоги прибить и соответствующие строчки в
>необходимых файлах.

надо удалить пользователя из ГРУППЫ wheel или пользователя с uid=0?
Если пользователя с uid=0 - то надо сильно не дружить с головой!!!
Стандартно таких пользователей в FreeBSD ДВА:

root:*:0:0::0:0:Charlie &:/root:/bin/csh
toor:*:0:0::0:0:Bourne-again Superuser:/root:

root == toor за исключением того что стандартно toor без SHELL'а и PASSWORD. Но для удобства, многие статически собирают bash и используют
toor вместо root:

root:*:0:0:Charlie &:/root:/bin/csh
toor:*:0:0:Bourne-again Superuser:/root:/bin/bash

grep bash /etc/shells
/bin/bash
/usr/local/bin/bash

Пользователь может входить в группу wheel:
[unix1]~ > grep wheel /etc/group
wheel:*:0:root,lavr,vvm
[unix1]~ >

достаточно любым редактором убрать пользователей lavr и vvm из группы wheel в файле /etc/group

[unix1]~ > grep wheel /etc/group
wheel:*:0:root
[unix1]~ >

или использовать команду pw (man pw).

Команда для ручного редактирования файлов passwd и master.passwd:

man vipw

Строчная команда для оперирования с пользователями и всеми их атрибутами:

man pw

команды исключительно ДОБАВЛЕНИЯ и УДАЛЕНИЯ пользователей, обычные perl-скрипты:

[unix1]~ > file /usr/sbin/adduser
/usr/sbin/adduser: perl script text executable
[unix1]~ > file /usr/sbin/rmuser
/usr/sbin/rmuser: perl script text executable
[unix1]~ >

В самом низу каждого man'а указанных выше команд, есть ссылки на остальные
man'ы которые необходимо прочитать для полного понимания.