> имеется рабочий squid3.4. Прокся работает в обычном, не прозрачном режиме. Необходимо отследить
> пользователей, которые подключаются через прокси (тот же squid, но версия неизвестна,

Вы крайний оптимист. "Проксей" которые могут поставить себе пользователи - как собак нерезанных. OpenVPN, Polipo, 3proxy, различные сокс-прокси и т.д.

И вот вы со своим сквидом собираетесь бороться.. с чем?

Правильный вариант - поставить управляемое оборудование, разбить сеть на вланы, вынести пользователей которым разрешен выход в инет от тех которым не разрешен в отдельные вланы.

Что касается невозможности сделать то что вам советуют - это знаете ли..детский лепет. Чтобы ездить на машине надо иметь машину. Если вы не можете иметь машину, а имеете только самокат - вы не сможете ездить на машине хоть усрись на своем самокате.

В общем случае у вас нет технической возможности с помощью сквида отделить пользователей "честных" от "через прокси".

Есть разные варианты мелкой пакости для владельцев прокси:
ограничить число коннектов с одного адреса
ограничить объем трафика с одного адреса
контролировать запущенные на компьютере пользователя приложения
контролировать настройки файрвола на компьютере пользователя, раздавая их через корпоративную политику
и так далее...