> Сделал программу, которая собирает config.cache после сборки. Потом запускаю вторую программу, которая анализирует все имеющиеся config.cache и создает config.site, в который попадают только те переменные, которые имеют одно и тоже значение во всех config.cache.

И это работает? Ну, в том смысле, что между генерацией config.cache и следующим запуском ./configure произойдёт установка пакета, которая вообще-то может инвалидировать какие-то переменные в этом config.cache. Кстати да, я даже конкретный сценарий могу предложить. Ставим софтину с опциональной зависимостью от gtk. Её configure проверяет наличие gtk, не находит его в системе, вносит в config.cache запись о том, что gtk в системе нет. Ставим gtk. А теперь ставим софтину с жёсткой зависимостью от gtk. Теперь configure заглядывает в config.site, находит, что gtk в системе нету, и отказывается генерировать Makefile.

Другое дело, что может если собрать переменные, которые стопудов никогда не меняются (скажем, относящиеся к проверкам libc и cc) и один раз их сложить в config.site...

Кроме того, тут встаёт проблема, что если я в процессе пересборки системы занимаюсь вознёй с этими кешами, то я встраиваю в процесс пересборки ещё более тормозной этап, нежели ./configure -- себя. Таким образом, чтобы с этого получить хоть какой-нибудь бонус по скорости, надо это всё автоматизировать, а для этого надо лезть в портажи и перелопачивать eclass'ы. В идеальном случае будет достаточно изменить один eclass, но я не верю в идеальные случаи. Скорее всего придётся поменять несколько eclass'ов, и ещё процентов 10 ебилдов всё равно будут всё делать по-своему. То есть, здравый баланс между оптимизмом и пессимизмом предсказывает часов 40-80 на перепиливание портажей. _Моих_ 40-80 часов, а не сборочного кластера. Причём с неопределённым результатом: может быть не удастся сделать так, чтобы config.site не создавал бы помех, и не приходилось бы ещё и вручную периодически вмешиваться, чтобы сборка продолжалась бы.