> Я, скажем, использую gentoo. Мне нафиг не упало автомонтирование: мне не сложно набрать в консольке mount или jmtpfs. Графику я запускаю при помощи startx, один раз прописав себе такой ~/.xinitrc, какой мне нужен. Хуже всего с сетью: прописать её в /etc/conf.d/net не проще, чем поднять из консоли. И поэтому поставив систему с нуля, я пару недель поднимаю сеть из консоли, потому что мне лень прописать настройки в файлик. А, и ещё выбешивает то, что у меня в ~/.xinitrc прописаны настройки X'овой клавиатуры, но они отваливаются если клавиатура дисконнектнет, а потом обратно приконнектится. У меня была старая клава, с раздолбанными контактами, приходилось по нескольку раз в день эти настройки накатывать. Но я купил новую и теперь такого почти не происходит.

Для клавиатуры, можно применить: eudev — разрабатываемый Gentoo менеджер файлов устройств для ядра Linux для конфигураций, не использующих systemd.
В остальном, так тоже можно жить!

"На фоне того, что я вижу когда делаю ls -R ~/.*,", Вы хотели сказать ls -R ~/\.[^.]*