git очень прост, если ты примешь что git это не система контроля версий, а набор специализированных команд для копирования файлов, вычисления diff'ов и накладывания patch'ей.

Описанные уязвимости же, это естественное следствие того, что unix'овая файловая система прикидывается деревом, но с завидным постоянством ведёт себя не как дерево, а как ориентированный граф. Человеки они такие, они склонны использовать упрощающие допущения, в процессе своего мышления, и склонны совершать ошибки, применяя упрощающие ситуацию допущения тогда, когда эти допущения неверны. И если ты поощряешь это сверху, то ты получаешь от них бесконечный поток багов.