flatpak недостаточно интегрирован в систему и не позволяет устанавливать произвольные приложения. А хочется что-то типа такого, что вот например я устанавливаю либреофис или какое-то другое приложение из репозитория или стороннего источника, и чтобы можно было его установить напрямую (правда непонятно зачем это нужно, если можно сразу просто указать имя контейнера), а можно просто перед именем приложения указать опцию, предписывающую поместить программу в изолированный контейнер или песочницу. И чтобы удаляя такое приложение можно было как удалить только содержимое контейнера, так  и сам контейнер вместе со всем содержимым. По-моему это было бы чертовски удобно.