> Чисто теоретически, а какой контроль этих обновлений? Я в этом новомодном мусоре
> не разбираюсь, но у пакета есть и список файлов, и объем,
> и подпись, а тут как?

Не знаю как во всяких ванилах/блэндосах, как в атомарной сусе, не изучал вопрос, но у атомарной федорки rpm-ostree может так же оперировать пакетами. Просто все операции по установке новых программ (или по удалению) проходят с перестроением слепка всей системы, что очень-чень-очень долго.

В теории эту атомарную федорку можно также попакетно под ваши хотелки доукомплектовать через rpm-ostree, только в отличии от той же NixOS для получения рабочих изменений нужно будет ещё и ребутаться какждый раз, т.е. в этом плане гибкость атомарной федорки стремиться к нулю.

Не читаю мысли разрабов этих атомарных причиндалов в лице silverblue, но создаётся впечатление, что это временная мера, а итоге скорее всего будет какая-то чистка от рядовых rpm из реп и весь имеющийся сейчас софт из классических репозиториев уже доступен не будет, как только почувствуют, что флатпаки готовы полностью покрыть их запросы.
А иначе будут существовать отщипенцы, которые даже будучи загнанны на атомарщину будут игнорировать флатпаки, соглашаясь на более слоупочную установку каждого пакета, лишь бы быть поближе к "классике". А это не порядок, этого красношляпые допустить никак не могут, а иначе зачем весь этот движ?!

Вся эта чепуха про нестабильность системы после обновления, которую можно будет пофиксить откатом на предобновляемый образ системы, это всё маркетолуховая пыль в глаза, выдаваемая за "Уникальное Торговое Предложение", это такая же бойда, как когда systemd продавали в самом начале лозунгами о более быстрой загрузке. На самом деле в итоге должна быть минимальная система, как сейчас хочет повторить Космонавт со своей Ubuntu Core, которая будет обмазана флатпаками.

Вся эта шляпа на самом деле не нова с недавнего времена подобное практикуется в макоси, там тоже основная система - снапшот на чтение, а поверх эти дегенеративные портативные пакеты.
Вот что-то такое красношляпа и хочет получить, типа макоси, только для нищeбpoдов и с поигрыванием в Свободное ПО.