>Как водится, неудобством работы с ним

офигенно удобно.
стандартный api http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms724875(VS.85).aspx
консольный интерфейс reg.exe
файлы реестра *.reg

>Текстовые конфиги можно читать-писать чем угодно, хоть cat-grep-echo-sed

организовывать синхронизацию и защиту от сбоев также будете cat-grep-echo-sed ?

>И всё это идеально читаемо человеком

особенно gconf идеально читаем.
конфиг - не книга, чтобы им зачитываться. в идеале конфигурация должен компилироваться перед использованием. (в линуксах на подобного рода оптимизацию, как правило, забивают)

>По сравнению с вендореестром сущий рай.

рекомендую почитать что-нибудь из Булгакова - это интереснее линуксячьих конфигов.