>Система портов - единый интерфейс к установке как бинарных, так и собранных из исходников программ.

Не из исходников, а из портов - большая разница. Сделав эту поправку я тоже могу сказать, что

Система apt - единый интерфейс к установке как бинарных deb-пакетов, так и deb-пакетов, собранных из пакетов deb-src.

>Причем собрать можно именно с нужным тебе функционалом, а не как захотел сборщик готового бинарника.

Но обновлять-таки это дело потом придётся из портов. В Debian пакеты дробятся и делятся на альтернативы так, что к сборке из deb-src приходится прибегать уж совсем в экзотических случаях. У меня на домашнем компьютере стоит lighttpd, собранный с зависимостью от gamin вместо famd. Это единственный нестандартно собранный пакет. Собран он из deb-src.

>И системе совершенно фиолетово каким способом установлена програффа, ее можно удалить или обнавить штатным образом. Умеет это apt?

Штатно - это как? Через pkg_add? Или через cd /usr/ports/xxx/yyy && make install? Или через portupgrade?

Штатно apt-get позволяет установить программу из репозитория. Для пересборки пакетов с собственными патчами существуют другие утилиты - pbuilder, debuild. Для создания собственного репозитория - ещё утилиты.

Но благодаря хорошо продуманной системе пакетов необходимость в пересборке возникает очень и очень редко. Хорошая продуманность - это доступность нескольких альтернативных пакетов, собранных со взаимоисключающими опциями, дробление больших пакетов на независимые маленькие.