Я как бы в VOIP-провайдере работаю, и теорию с практикой не путаю. А на практике - это перекодировки (и не меньше двух, как правило), плюс в каком-то проценте случаев таки по кодекам договориться не выходит (для этогонадо настраивать железку, что для пользователя проблематично, а в саппорте таким заниматься не особо выгодно). А скайп - он тем и хорош, что один и кодек у него (очень приличный, кстати) всегда один и тот же. Если бы в том же SIP было прописано, что compliant клиент обязан поддерживать ну хоть тот же GSM - было бы проще на порядок. Кстати, несколько перекодировок - хороший способ угробить приходящий с PSTN/мобил DTMF.

Именно "а скайп всё равно пробивается" и нужно. Потому что, опять же, оконечным оборудованием может быть железяка, 9/10 из которых про NAT Traversal/ STUN знать не знают. Потому что идиотов-админов или идиотских политик таки много, в т.ч. - у опсосов. STUN нет в спецификации SIP - он факультативен.

А общаться не через скайп - было бы замечательно, но вот только те альтернативы, что имеем, в плане дуракоустойчивости и стоимости поддержки очень неприятны.

А что касается иронии касательно "засунуть", то она не слишком уместна - деятельность человека можно поделить на некие области, и обычно удобно всё, что относится к одной области, объединять. К примеру, если у нас реалтаймовая коммуникация - то она должна производиться из одной точки. Чтобы в ней человеку было доступно управление presence, контакт-листом, история взаимодействия - причём целиком, а не кусками, разбросанными по куче сервисов. Что касается разработки - то, думаете, почему так популярны IDE? Да всё потому же - что всё, что связано с конкретной деятельностью, доступно из одной точки и взаимодействует.
Да, всё это можно сделать более гибко несоклько коммуникационных сервисов, использующих общие сервис presence, контактлист (с возможностью иметь достаточно полное описание контакта), хранилище истории. Только вот на практике этой гибкости не видно - разве что у гугла можно получить нормальную историю общения с определённым контактом - чат, ипсьма, голос, передача файлов (через почту или гуглодоки). Так это не лучше, чем скайп - даже хуже - оно ещё и на чужих серверах хранится.