> Понимаешь ли, во-первых, в боевых условиях никакого package management'а нет и быть
> не может пока файловые системы не поддерживают атомарных транзакций.

Как страшно жить.  А объясните-ка мне, знаток боевых условий, различие между ситуациями:
- когда rpm новые файлики кладёт вбок, а затем враз unlink()ает уходящие и перемещает новые на их место;
- когда ФС делает атомарную транзакцию и опять же старые файлики подменяются новыми
для запущенных приложений -- потому как всё виденное сводится к двум случаям:
- или мы уже понаоткрывали файловых дескрипторов, которым unlink() без разницы;
- или же в процессе закрываем-открываем, особенно dlopen(), и вот тогда действительно можем кувыркнуться.

> Подумай что случится с работающим софтом и скриптами в момент обновления
> какого-либо пакета.

50/50 -- или продолжат работать, или взорвутся (хорошо бы хоть явно).  Причём для того, чтоб что-то с этим сделать, надо или учитывать специфику приложения в системе обновления, либо распихивать всё по контейнерам и обновлять частями с уделением должного внимания.  Между прочим, сильно помогает со сложными системами.

> Все машины раскатываются из болванки, а она без проблем собирается из портов.

_Раскатываются_.  А докопались -- к _обновляются_.  При этом предлагаете вариант, который реализуем только с выведением в офлайн для обслуживания (что не хорошо и не плохо само по себе, просто надо это понимать и явно оговаривать).