Для решения проблем с зависимостями в Perl создано несколько удобных инструментов под разные уровни.
1. cpanm + local::lib решает вопрос с собственно модулями
2. perlbrew обеспечивает нужную версию perl
3. PAR, Perl::Static и еще парочка позволяют вообще все упаковать в один бинарник, который на целевой системе надо просто запустить.

Кто же виноват, что вы обо всем этом не знаете. Вот почитайте журнальчик, просветитесь, на эти темы материал в прошлых выпусках был.

При получении чужих скриптов достаточно сделать grep по use|require, получить из этого список модулей и скормить его cpanm. У опытного админа минут десять займет, не важно на bash или том же perl. Ну а дурак конечно может пару часов неведомо что творить и в конце концов угробить сервер.

Мораль: дуракам сервера доверять нельзя.