Всегда уважал Поттеринга за то, что он идёт не проторенной дорожкой, а по бездорожью, изобретая что-то новое, и зачастую яростно критикуемое теми, кто привык к классическим решениям. Но идея пакетного менеджера, привязанного к одной файловой системе - это нечто не правильное. Почему бы вместо этого не реализовать систему слоёв ФС, монтирующихся один поверх другого как в Docker. И работу с версиями пакетов можно завязать на подобный механизм.