> <Directory "/home/www/cgi-bin">
>     AllowOverride None
>     Options ExecCGI
>     Order allow,deny
>     Allow from all
> </Directory>

надо поднабраться внимательности, а после понять, что первая запись к структуре сайта не относиться.

> Собственно, вопрос - а правильно ли такое описание каталогов www-сервера в конфиге
> Апача? Или в любом случае нужно индивидуально описывать все имеющиеся в
> documentroot подкаталоги, типа

Надо разделить мух и котлеты - сайт (со своей логикой работы) и веб сервер (с настройками под данную логику)
Тег directory не магическое заклинание, а настройка конкретного дира под конкретные задачи. Если такие есть (задачи) - то настраиваем, если нет - то ... догадайся сам.

> надеюсь, понятно объяснил, потому что гуглю свои непонятки я объяснить не смог...

непонятки надо доводить до поняток, а потом лезть что-то крутить.

> Возник, по-видимому, совершенно нубский вопрос, но гугл ответа не дал, думаю, не
> могу правильно сформулировать.

действительно нубский, вытекает из непонимания что такое вебсервер и как работает ... думаю надо начать с этого.