>P.S. Сначала дать команду скрипт, а потом выполнить my_prog не совсем
>хорошо, так как это недолжно напрягать юзера и он должен только запустить
>my_prog.

Матвей, если тебя удовлетворяет ситуация, когда вначале запускается команда скрипт, а потом my_prog, но это должно происходить автоматически, то в чем вопрос?
Сделай my_prog, который запустит script, а потом свою функциональность.

// WBR