rsync обрабатывает маски относительно корня копирования, поэтому самым простым выходом будет запись списка исключения в файл и использование простого скрипта, который вырежет корень из имён путей в этом списке, а потом запустит rsync с передачей изменённого набора правил директивой --exclude-from

типа
cat orig_exclude.txt| sed 's/^\/home//'>new_exclude.txt
rsync    -avpH --exclude-from=new_exclude.txt /home   /mnt/sdc1/

Второй вариант указать в качестве исходного пути "/" и добавить маски  "+ /home/" и "- *" в список исключений, при которых несмотря на указания пути "/" копироваться будет только /home.