>[оверквотинг удален]
> С потоками разобрался, начал разбираться с тем, как собственно подвисшый поток прихлопнуть,
> и... толи это невозможно, толи неизвестно как. pthread_cond_timedwait делает это только
> изнутри самого потока, то есть с основоного потока его не заюзать.
> Да что там говорить, даже pthread_cancel зависшый поток закрывать отказывается.
> Достало это извращение, пускай на СЯХ лячкают красивенькие програмки гуру программирования,
> а я, нуб, написал скрипт на питоне с использованием SMBUS, без
> каких либо плагинов  или чего либо еще, при чем сам
> код оказался в два раза меньше предыдущего кода на СИ, в
> котором я еще и модуль  использовал...
> Всем спасибо за помощь, вопрос можно считать решенным.

Я бы использовал fork с вызовом проблемной функции в потомке, а родителем подождал бы пять секунд и кильнул.