> У меня нет доступа в детях к внучкам, потому что дети ждут пока внуки завершатся или умрут

Дети — bash? Внуков можно запускать в фоновом режиме (команда &), тогда доступ к ним остаётся. Также можно ждать завершения фоновых процессов встроенной командой wait.

Bash, кстати, при получении SIGTERM'а автоматически передаёт его всем фоновым потомкам.

> Я попробовал навесить трапов на фоновый жоб, так я всё равно не могу узнать кого мы родили и там!

jobs выдаёт список фоновых процессов, не?

> Я так понимаю для работы с cgroups мне понадобится модификация системы и суидные рутовые бинарники?

Достаточно systemd-run или пользовательской сессии systemd. Возможно, эту всю скриптоту удобнее писать не на bash'е, а на юнитах systemd.