>>>  А вот бинарники можно ограничивать.
>> После компиляции у программы поменялась лицензия?

Исходники и бинарники в лицензиях обычно явно выделяются как отдельные объекты рассмотрения, тому есть масса причин (не читавшие или давно читавшие GPL приглашаются ко вдумчивому прочтению более обозримой второй версии).

> лицензия не у программы. А исходников.

Нет.

Лицензия -- договор между имеющим некоторые права на программу и приобретающим их (возмездно или безвозмездно, подписывая договор или принимая оферту -- здесь неважно).  В этом договоре прописывается отношение объёма передаваемых прав на предмет договора, обычно так или иначе разделяя исходники и бинарники.

В файлы исходников лицензия обычно прописывается с целью более явного указания, что является объектом.

Возвращаясь к GPL2:

---
  For example, if you distribute copies of such a program, whether
gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the
source code.  And you must show them these terms so they know their
rights.

3. [...] The source code for a work means the preferred form of the work for
making modifications to it.  For an executable work, complete source
code means all the source code for all modules it contains, plus any
associated interface definition files, plus the scripts used to
control compilation and installation of the executable.  However, as a
special exception, the source code distributed need not include
anything that is normally distributed (in either source or binary
form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
operating system on which the executable runs, unless that component
itself accompanies the executable.
---

Обратите внимание: в первом процитированном абзаце под program можно понимать как исходник, так и бинарник -- это не уточняется (а для скриптов в естественном их виде ещё и разницы нет).