Вы сильно ошибаетесь.
Использование пакетных менеджеров для таких языков как PHP и javascript дает очень большую отдачу:
1. С точки зрения разработчика. Сборка проекта скелета проекта осуществляется быстро. Писать, зная каждую зависимость, получается быстро и просто. Дестких болезней не встречается.
2. С точки зрения менеджера проекта/фрилансера и т.п. Собранный один раз проект, без последующей поддержки со стороны создателя является мертвым грузом: никто в здравом уме отсурсенный проект не станет развивать сам (посмотрите, какие и сколько фреймфорков нужно знать, чтобы устроиться PHP/js программистом? Да, да, да, досканальные знания оригинального js и понимание подходов разработки на нем никому не нужны, потому что их никто не применяет)
3. С точки зрения заказчика. Получаем за небольшие деньги проект с минимумом фукциональности. Никаких людей в штат не надо - полностью все обслуживание на создателе. Особо начнет "хамить" - есть сотня других, которые с удовольствием перепишут все, почти за даром, лишь бы получить сливки с развития/раскрутки и т.п.

Все в выигрыши. И да, к разработке вся эта магия не имеет никакого отоншения. Это как борд на дороге повесить или кассу оснастить.