> можно обойтись на всех стадиях рипования одним ffmpeg'ом. Это правда?

"Нет, сынок. Это фантастика."

В реальности всё зависит от исходника. Есть такие мерзкие DVD, что Avisynth там безальтернативен. А вместе с ним плагины. А многие из них на C++ под Windows. В вопросах качественного рипания педантичность должна проявляться в проверке качества результата, а не в подборе инструментария. Встретите сложный DVD - поймёте. После встречи с домашними VHS у вас появится венда. После встречи с VHS-исходником, который был убит через домашним DVR-ом в жуткий DVD вы матан выучите. Вообще знать конкретно гармонический анализ весьма полезно если тюните кодеки, для осознания действий, так сказать.
А у вас там физиеские носители? C DRM-защитой прямо? Ну вам вообще для этого декрипторы нужны.
Тут поищите https://www.videohelp.com/

В чем причина рипать только средствами ffmpeg, я стесняюсь спросить? Условие, чтобы был только ffpmeg сильно усложняет задачу. "Только Linux" в этой задаче не возможен, во всяком случае пока что, всё равно wine-ом обмажетесь.

> стандарты рипования DVD/Bluray определенно есть, они давно сложились, но как, где и кем - непонятно.

Спрашивайте на каналах аниме. И нет это не шутка!

> Например DVD5 кодируется с таким-то битрейтом, а DVD9 с таким-то, при этом учитывается хронометраж фильма.

Если вы собрались следовать стандартам какого-то сайта, то вам нужно спрашивать на этом сайте, но учтите, что иногда правила безумны. Например в 2020-ом году народ не режет рипованные файлы обратно на болванки, поэтому безумие с двухпроходностью ради фиксированного размера файла (ABR 2-pass) и иже с ними - это что-то из прошлого. CRF по-факту - это стандарт для AVC. С HEVC у вас ничего хорошего не выйдет. Нет еще пока работоспособного бесплатного енкодера, который это пожмет на высоком битрейте так, чтобы разницу смогла заметить что-то кроме метрики. AV1 - думать забудьте, рано.
Все эти правила по битрету, они по большей части для того чтобы сказать, что ваш файл должен быть размером не менее чем. Просто условность, которая позволяет сразу отсечь плохой материал. Не нужно воспринимать это буквально.

> Ну и главный вопрос - с чего все же начать, когда все так запутанно. Хочется делать максимально четко и круто...

https://forum.doom9.org/ =) вам туда, если понимаете по английски. Если не понимаете, то сначала на курсы английского.

> avidemux это только один из инструментов тру-рипперов виндовозников

Да это вообще не инструмент... это так, печальная копия VirtualDub/VirtualDubMod/Nandub. ffmpeg вам его заменит, но он не заменит того что перед ним нужно сделать
1. Декриптить, если шифрованное
2. Построить d2v в DGIndex и разобраться вообще что там за диск, какой там фреймрейт и что там делать. Выше писали про проблематику исходника, который был до DVD.
3. Грузануть в Avisynth и сделать минимальный кроп IVTC и прочее QTGMC в зависимости что у вас там
4. Любые другие фильтры по вкусу
5. Сделать что-то с аудио. Не знаю, что сейчас модно. LC/HE-AAC
6. Накормить сырым потоком ваш любимый енкодер предварительно настроив его
7. собрать это всё в ваш любимый контейнер. Обычно в моде mkv.

Avidemux - это 6-7. Причем вам и AviSynth-то не хватит со всеми его плагинами, если захотите убрать ватермарк с полупрозрачностью. deblend был традиционно сломан во всех плагинах avisynth поэтому только AviUtl в кривом переводе с японского на английский и потом результат его анализа и его плагины переподключить в Avisynth.

Короче. На ваш вопрос, на самом деле ответить можно... но это будет война и мир.
Начните с Avisynth, форумов Doom9, videohelp-а забудьте про чистый ffmpeg и Linux. Наберитесь опыта и попробуйте решить задачу на ffmpeg.

А вообще простых задач не будет. Нет смысла риповать те DVD, которые отрипованы. То что не переконвертировано, оно либо домашнее, либо редко испорченное, либо вы плохо искали.