> Интересно, как вот на счет платного проприоритарного софта

Тут несколько вариантов:
1. Создаётся Store для контейнеров, в который они по доброй воле выкладывают и обновляют.
2. Какой-нибудь Adobe делает свой репозиторий Flatpak и распространяет flatpakref или bundle через сайт. Контроль оплаты у них уже с помощью подписки происходит. В качестве репозитория может выступать OCI Registry, в том числе. Доступ в OCI Registry может быть запаролен, ЕМНИП.
3. Вася Пупкин из .run файла умудряется сделать контейнер, путём запихивания его бинарников в нужные места. И выкладывает в репозиторий.

Тут ключевое слово контейнер. Flatpak - это средство для запуска Docker-контейнеров с софтом для десктопа. Ну и стандарт для этих самых контейнеров, одновременно.

> Snap хорошо для таких прог подходит.

Это миф убунтохомячков. Просто он не накладывает таких ограничений на доступ к хостовой системе, а значит софт, который приучен работать по старинке, не так сильно нужно модифицировать. Просто используй Classic confinement и можешь вертеть на болте их сэндбоксы какие-то. Хоть .ssh читай, хоть профили браузеров. Я уже молчу, что они пропогандируют "универсальность" Snap, но на самом деле это профанация, т.к. confinement вообще не работает где-то кроме Ubuntu. На других дистрибутивах Snap ничем не отличается от AppImage.

А потом корпорации, вроде Microsoft, на этом хайпанули и выложили официальные сборки в Snapcraft. Гордо заявив, что они опакетили свой говнософт для Linux, причём для всех сразу. Кушайте, не обляпайтесь.