По мне так действия GitHub вполне логичны и оправданы — автор намеренно внёс вредоносные изменения; оставим за скобками степень "вредоносности" изменений и получаем ситуацию, в которой автор некогда полезного ПО осознанно решил погадить некоторому кругу лиц, пользуясь тем, что эти лица ссылаются на его репозиторий. Уверен, что подобные фокусы трактуются GitHub'ом выходящими за рамки Acceptable Use и это правильно. Как пользователю мне важно быть уверенным, что сервис дополнительно ограждает меня от маргинальных выходок.