Это проблема для любого распределения ключей. Вот представь себе постквантовый TLS. Всё равно нужен предзагруженный корень доверия. Для вайргарда конфиги всё равно передают по TLS и генерят на сервере (с предоставлением ключей всем заинтересованным организациям), не нравится - ну ПНХ на другой сервис.

Другое дело, что вайргард by design нерасширяемый. Не потому что нельзя было так сделать, а потому что Jason Donenfeld имел целью прославиться как автор везде используемого протокола и реализаций, созданных в основном одним человеком, а делать протокол расширяемым - это на порядки прибавлять себе работы. Можно было бы и постквантовые протоколы туда вкорячить, но как мы видим, тема молодая, реально разбирающихся специалистов настолько мало, что NIST даже позволили себе даже уязвимую реализацию фаворитом назвать (глупость это, или измена - вопрос остаётся открытым).