> Оно да, но не уж то достаточно лишь yum update (для серверов)?

Если систему админили с оглядкой на совместимость. Например, старательно избегая пакетов из Pip в пользу пакетов из репо. В случае каких-либо самосборов, создавали пакеты, которые как Virtualbox при установке сами пересоберут нужные себе части из сырцов из системного репо.

Это довольно высокий уровень развития. Т.к. такие люди часто могут больше за дороже, то уходят дальше. А они редкие. И потому, в т.ч., в целом сабж не часто можно встретить.