Из того, на что я натыкался:
1. во FreeBSD нелья было увеличить количество семафоров без перезагрущеи системы, без чего часто бывают проблемы с нехваткой семафоров в uwsgi и zabbix-агентеж
2. после перезагрузки системы часть демонов наботают с переменной окружения PATH, в которой нет путей к /usr/local/bin и /usr/local/sbin. Лечится перезапуском демонов от пользователя root - в таком случае используется нго переменная PATH. Штатного способа починить это не предусмотрено, можно поправить значение в скриптах в /etc/rc, но тогда система может не загрузиться, если ей не удастся смонтировать /usr/local. Не знаю, что из этого хуже,
3. не было поддержки capabilities (не знаю, как сейчас), из-за чего для выполнения любой даже самой простой привилегированной операции, например пинг или открытие порта с номером < 1000, требуеися suid-бит на бинарнике.

Хотя и преимуществ по сравнению с Linux тоже хватает, но они скорее в большей мере носят эмоциональный характер: система кажется более упорядоченной и лучше документированной.