В /etc/default лежат дефолтные конфиги конкретно в Debian. atop, например, там хранил переменные окружения, файл /etc/default/atop был прописан в atop.service. /etc/default/docker не является официальным конфигом Docker (официальный лежит в /etc/docker/docker.conf). Откуда реально считываются конфиги нужно в docker.service смотреть и в Exec, если там скрипт прописан.

Странные параметры tftpd в списке процессов - у всех процессов есть родитель, через родителя выходишь на причину запуска tftpd и опции запуска. Например, init/systemd конфиги в /etc/rc.d/ или /etc/systemd/system/. Если опций нет, то они могли быть вкомпилены при сборке из исходников.