Тем, что разрешая JS в NoScript ты даёшь возможность не только фингерпринтить, но и взламывать твой комп через него.

Защита от фингерпринтинга - это фильтр на значения, возвращаемые API, и изменение некоторого поведения, которое можно измерить, чтобы оно было более единообразным (напр. ограничение возможных размеров окна определёнными числами, чтобы не дать измерить точное разрешение твоего экрана). Запрет JS - это запрет на исполнения кода JS. Который необходим для полноценного фингерпринтинга, но некоторый фингерпринтинг можно сделать и без него, напр. можно встроить в страницу элемент с картинкой со стилем CSS, который включает его отображение только при определённом размере окна. Если страница загрузилась, а запрос на картирку на сервер не пошёл, то у клиента один размер, а если пошёл - то другой. Но JS куда более опасен - при уязвимом оборудовании можно было получить рута прямо из браузера, повредив память через rowhammer.