Речь не о том, чтобы палить кого-то. Просто я поставли себе себе в юзера что-то и я знаю что это, если у меня оно стало ломаться - мне и разбираться, админу системы совершенно нет необходимости разбираться с тем, что я там себе понаставил. Так же и с тем, что админ в /opt или /usr напихал  - он не пойдёт в руте что-то править. А в руте запускается пакетный менеджер (через sudo) и никаких кофликтов не испытывает (по умолчанию sudo не пихает в PATH всякие /opt, /srv и юзерские домашние каталоги, хотя вот /usr пихает).

Да, ~/bin - это как я обычно делаю для скриптоты своей, а правильно держать это всё в ~/.local/ - там и bin и lib и всё такое помещается.