Я не программист, но у меня такое предложение, чтобы неплохо отгородиться от тайминг атак.
1) Сконпейлировать бинарь криптософта - этакий черный ящик, который после сборки под целевую архитектуру заданным компилятором в машкодах может оказаться чем угодно.
2) Откармливать его некоторыми входными данными. Этакий fuzzing, но задача не сломать, а нагенерировать много разного и похожего на реальность.
3) Набрать статистику, скажем на N млн. случаев.
4) Исходя из статистики, ориентироваться опять же, например, на 3 квартиля. Идея в том, чтобы 75% случаев выполнялись за одинаковое фиксированное время (по границе 3го квартиля). Те, кто выполняется быстрей, в конце получают бонус в качестве заданного количества nop'ов для выравнивания (или тут-то и проблема, чтобы точно посчитать это количество?). Те кто медленней (оставшиеся 25%) растворяется и тонет в усредненном море.