[...]
> и каталоги на файлопомойке, к примеру если свободно около 7 гб,
> Ubuntu показывает 13, причем общий объем диска и объем занятых данных
> в каталоге отображается правельно. Проверялось nautilusом и thunarом. В Windows все
> отображается нормально.

Посмотри:

sudo dumpe2fs -h /dev/sdXX | grep "Reserved block count"

подставив правильное имя вместо XX.