>new_mail# ./indexmaker /usr/local/mrtg-2/bin/indexmaker

А зачем индексмейкеру передавать в качестве параметра сам индексмейкер??

Запускайте просто indexmaker --output /usr/local/apache/mrtg/index.html --columns=1 /usr/local/mrtg-2/cfg/mrtg.cfg