> Gnome OpenVPN Plugin Network Manger

Что за свистелка такая? Есть nm-connection-editor(1), в котором можно настроить все, что угодно. Правда нужно знать теорию. В частности, то, что в исключения заталкиваются не "сайты", а конкретные адреса IP. И что эти исключения зовутся не исключениями, а роутами, которые указываются в IPv4 -> Routes... -> Add. Далее вводишь примерно следующие значения: Address = адрес IP твоего сайта, Netmask = 255.255.255.255, Gateway = смотри первую строку `ip r` до подключения к VPN, Metric = чем ниже, тем приоритетнее роут, ставь 0.

> Гуй в линуксах всегда жёсткий

В вантузе гуй редактирования роутов примерно такой же.