Выполни лонгтест (smartctl -t long, может быть достаточно более короткого и менее опасного), после этого данные в smartctl -a обновятся. Тестирование должно висеть в кроне, без этого смарт ошибки не найдёт или во всяком случае не все. Кстати, какие-то ошибки после тестирования могут и исчезнуть.

Команда iotop -oa (от рута) может показать, кто жрёт диск. Это может быть фрагментация, деградация файловой системы (XFS, BTRFS), свопинг. Конфигурация ядра или его ошибки. При работе нескольких процессов одновременно, производительность легко может падать в десятки раз. Если говорить конкретно про значение "в 20 раз" то это звучит похоже на то, как работает ripgrep -- в отличие от gnu grep, он пытается читать данные в несколько потоков, что вызывает замедление как раз в 20 раз относительно однопоточного.

Некоторые диски (в частности, современные WD), заявленные как CMR, внезапно прекращают активность и "уходят на подумать" во время активной записи, это занимает несколько секунд, во время которых передача данных останавливается. Для SMR просадки на записи ожидаемое поведение. Можно довольно долго эту особенность не замечать.

По теме, скорее всего диск не жилец. Но я правильно понял, что у него скорость линейного чтения 50мб/с? У современных дисков в районе 300мб/с. Случайное чтение у него тоже около 1мб/с, в норме. Самое время обновиться, рекомендую поменять на SSD.