> Во-первых, у вас он не настроен толком, о чём говорит запись
>> ERROR: NotifyClamd: Can't find or parse configuration file /etc/clamav/clamd.conf

Вы правы, он действительно не настроен, потому что его (clamd), как уже говорил,  у меня нет (он мне не нужен).
А как можно настраивать то, чего нету?

Я не уверен, что прав, но мне кажется, что разработчики антивируса не предусмотрели ситуации, когда clamd  не используется.
Иначе при бы этой ошибки не возникало.
И хотя на всякий случай закомментировал в freshclam.conf строку

# NotifyClamd /etc/clamav/clamd.conf

это не помогло.