> 2) еще один комп, на котором запущена та же 1С, но со
> своим инетом. Оператор операции по юр лицу 1 выполняет на 1
> компе, операции по 2 юр лицу - на втором.

Если рабочая машина под линуксом, то поможет network namespace. Для юрлица1 запускать прогу в одном неймспейсе, для юрица2 - во втором. Т.е. два скрипта запуска сделать.
Если под виндой - сделать две копии бинарника (можно просто хардлинк на ntfs сделать) и настроить проксификатор так, чтобы каждый бинарник работал через свой прокси.