У вас теоретический вопрос или практический?

>как заставить второй запрос использовать Primary Index?

Самое главное правило при написании запросов - не пытаться плохие запросы оптимизировать и заставлять что-то использовать. Пишите запросы, у которых будет оптимальный план.
Фактически вам нужен джойн к временной таблице составленной с помощью UNION. Значит надо написать к ней джойн, а не мутить с IN.

Чисто в практической плоскости. Если у вас в articles будет за все время жизни сервиса 1000 записей, а в том, из чего вы юнион собираете - и того меньше, вам должно быть все равно, у вас фулл индекс скан или что-то другое. Добавьте памяти под кэш запросов и забудьте навсегда. Напишите запросы попроще, чтобы через пару лет не путаться в их логике. По моему личному опыту - до 2-3 сотен тысяч записей таблицы не тормозят даже если из них выбирают крайне неоптимальным образом.