> А если в процессе обновления пакета с ОС-либами комп завис?

Ну если это такой комп что он зависнуть может - это какая-то некритичная хрень на дрянном железе. Ну или чего бы ради оно зависать будет?! Критичные к отказу машины - у нормальных людей подперты упсом + железо там нормальное, знаете ли. Поэтому они не виснут и не ребутятся внепланово. Ну кроме ситуаций когда внезапно упал метеорит.

> Или прога обратилась к только-что-удалённой-но-ещё-не-поставленной системной либе? Ы?

Вообще-то
1) В линуксе inode удерживается до тех пор пока файл кому-то нужен. Файл перестает быть видимым, но тем кто с ним работал он остается доступен до момента пока они его не отпустят. Только тогда он будет окончательно изничтожен.
2) Вообще, библиотеки грузятся только при старте программ или сильно некоторых вызовах динамического линкера. Сами по себе программы с библиотеками напрямую не работают. Это маразм и моветон.

Более того, если вдруг какая-то программа ну пипец какая особенная и ей больше всех надо, например в дебианском пакетном менеджере есть возможность дернуть hook (скрипт) который может разобраться с этой особо хитрой программой и сделать так чтобы она корректно пережила все это. Есть 100500 разных хуков. По поводу начала апдейта. По поводу конца апдейта. И еще куча всяких хитрых фокусов, типа дергания хука когда "вон тот пакет обновили, нас это тоже цепляет".

В целом как правило все достаточно продуманно и культурно происходит. Лично я на спецэффекты при апгрейде пакетов вообще ни разу не нарывался.

[бред про ботаников прибит]

> Взять Жигули, тягач МАЗ, велосипед Аист

По вашей логике, жигули, маз и аист должны отливаться за один присест. Ну ладно, номерной знак или там катафоты какие - можете уже отдельно прикрутить. Хотя лучше бы отливать вместе с агрегатом сразу.