схема там была такая:

Создаем в RAM временный диск и переносим туда файлы ОС

mkdir /tmp/tmproot
mount none /tmp/tmproot -t tmpfs
mkdir /tmp/tmproot/{proc,sys,usr,var,oldroot}
cp -ax /{bin,etc,mnt,sbin,lib,lib64,run} /tmp/tmproot/
cp -ax /usr/{bin,sbin,lib} /tmp/tmproot/usr/
cp -ax /var/{account,empty,lib,local,lock,nis,opt,preserve,run,spool,tmp,yp} /tmp/tmproot/var/
cp -a /dev /tmp/tmproot/dev

Переключаемся в это окружение

pivot_root /tmp/tmproot/ /tmp/tmproot/oldroot
mount none /proc -t proc
mount none /sys -t sysfs
mount none /dev/pts -t devpts

Ребут если чето пошло сильно не так

# echo 1 > /oldroot/proc/sys/kernel/sysrq
# echo b > /oldroot/proc/sysrq-trigger

#Но если всё идет норм, то перезапускаем сервисы в новом окружении

service ssh restart

#отмонтируем ФС старого окружения

umount /oldroot/proc
umount /oldroot/dev/pts
umount /oldroot/dev
umount /oldroot/sys
umount /oldroot/run/lock
umount /oldroot/run/shm

lsof /oldroot/dev

killall5 udevd
killall5 getty
killall5 rsyslogd

####### Делаем нужные дела. в в твоем случае - чтобы где-то на диске появилась новая ось.

Переключаем окружение обратно

pivot_root /mnt /mnt/tmp/tmproot

mkdir /proc
mount none /proc -t proc

mkdir /dev
cp -ax /tmp/tmproot/dev/* /dev/

mount -t devpts none /dev/pts
mount -t sysfs none /sys/

Когда-то в старых версиях Debian это сработало.
Но AFAIK/IIRC в свежих ОС systemd что-то там будет удерживать и способ не сработает - не получится старую ФС отмонтировать. Репорть Поттерингу. ))