> Подскажите, можно ли сделать, чтобы при обращении к отсутсвующему файлу на самба
> сервере выполнялся перл скрипт, которы будет этот файл создавать? Если можно,
> то как?

Я думаю что это сделать можно, но только надо написать плагин к самбе.
Предполагаю, что готовой реализации нет.