Наймите админа.

> Видимость папок с интернета. Апачи
> Нужно чтоб с интернета была видна не папка public_html, а папка web.
> ДиректАдмин. Доменов много. Они лежат в папке domains

Директадмин - это садизм и мазохизм в одном флаконе.
Используйте или ISPmanager или бесплатные панели.